Der Ort wurde 1542 von einem spanischen Franziskaner-Mönch gegründet. Die Stadt ist sehr geschichtsträchtig und wird auch als Wiege der Unabhängigkeit bezeichnet. 1826 wurde sie umbenannt zu Ehren einer ihrer berühmtesten Söhne, General Ignacio Allende, welcher im Unabhängigkeitskrieg gegen die Spanier eine wichtige Rolle einnahm. Heute ist die zum Weltkultur der UNESCO erklärte Stadt ein beliebter Treffpunkt für Künstler aus aller Welt. Wegen dem milden Klima auf 1'900 M.ü.M. haben sich viele nordamerikanische Pensionäre und Aussteiger hier niedergelassen. Auch einige Panamericana-Travellers sind in San Miguel de Allende quasi stecken geblieben und sesshaft geworden, weil sie dem Charme dieser in warmen Erdfarben gehaltenen Stadt erlegen sind.