Namensgebend und Mittelpunkt des Parks ist der elf Kilometer lange Waterton Lake. Eine sehr beliebte und lohnenswerte Sache bei schönem Wetter ist die Bootsfahrt ans andere Ende des Sees. Dort angekommen führt zwar keine Strasse weiter, die 2 US-Ranger lassen jedoch nur US- und Canadien-Citizens die USA betreten. Mitten durch den See verläuft die Grenze zwischen Kanada und den USA. Der Grenzverlauf ist sehr gut erkennbar an einer breiten Schneise durch den Wald beidseits des Sees. Festgelegt im Grenzvertrag zwischen den zwei Nationen muss dieser Streifen periodisch abgeholzt werden.